Bawat kapilya o simbahan ay may kani-kaniyang kasaysayan kung paano ito naitayo. Sa pasimula ang simbahan ng Sta. Cruz ng Barangay Tanza, Navotas ay isang kapilya pa lamang na nasa pangangalaga at nasasakupang ng Parokya ng San Jose de Navotas na itinatag noong ika-19 na daang taon.
Mula pa sa mga naunang mga nanirahan sa Tanza ay sinikap na muling magkaroon ng isang munting bisita sa Tanza Kaliwa na ang patron ay ang Mahal na Poong Sta. Cruz na ayon sa kanila ay sa panahon pa ng Kastila naitayo na nagsilbing bahay dalanginan at timbulan ng mga mananampalatay hanggang sa mailapat sa kinatatayuan nito ngayon. Di nagtagal dahil sa pagtutulungang pinansyal, bayanihan at sa marubdob na pagnanais na magkaroon ng mga taga-Tanza sa natagpuang Krus, naipagpatayo nila ito ng isang maliit na kapilya, Kung saan ditto na rin kinuha ang pangalan ng simbahan. Noong 1951 naging parokya ang simbahan ng San Roque at nagging kapilya ang Sta. Cruz sa pangangalaga ni Padre Manuel Ramos sa loob ng mahigit 20 taon at sinundan ni Padre Eleno Tepace sa matagal na panahon.
Dahil sa patuloy na paglago at pagdami ng bilang ng mga mananampalatayang katoloko, nakaranas ng mga suliranin ang kapilya. Ang ilan sa mga ito’y kung paanong matutugunan ang mga pangangailangan ng mga tao hinggil sa katuruan ng simbahan at ang kakulangan ng pirmihang pari na mangangalaga at makapagbibigay ng mga Sakramentong kailangan ng mga tao. Noong ika-4 ng Pebrero, sa tulong ng Arsobispo ng Maynila sa pangunguna ni Arsobispo Jaime Cardinal Sin, Natugunan ang nasabing problema at nagging Quasi Parish ang Sta. Cruz o isang maliit na parokya. Naitalaga bilang Kura Paroko na si Rev. Fr. Martin Guarin. Pagkalipas ng tatlong taon, ang Sta. Cruz ay pinagtibay at naitalaga bilang isang Parokya noong ika-28 ng Abril 1993. Nanungkulan pa rin bilang Kura Paroko si Padre Guarin na siyang nagpalaganap ng Parish Renewal Movement (PREX).
Noong ika-1 ng Marso 2003, naitalaga si Rev. Elpidio A. Erlano, Jr. bilang bagong kura paroko noong ika-28 ng Sta. Cruz. Sa kanyang panunungkulan, nagkaroon ng kaganapan ang pagtatapos ng kaganapan ang pagtatapos ng paggawa ng istraktura ng simbahan at kanyang pinalaganapan ang Neo Catechumenal Way.

Noong ika-31 ng Oktubre 2008, itinalaga naman bilang Kura Paroko si Rev. Fr. Ildefonso C. de Guzman, Jr. Bilang bagong naordinang pari ang pamamahala sa Parokya ng Sta. Cruz ay isang malaking hamon para sa kanya. Sa kanyang kasalukuyang panunungkulan naitatag ang Parish Pastoral Council (PPC) at ngayo’y aktibo sa ibat-ibang programa at proyekto. Sa loob pa lamang ng ilang buwang panunungkulan maraming pagbabago at programa ang kanyang pinaiiral sa parokya.
Noong ika-28 ng Abril 2009, ipinagdiwang ang ika-16 na Anibersaryo ng Parokya. Sa unang pagkakataon kinilalala at pinarangalan ang mga taong naglingkod at nagging bahagi ng simbahan sa loob ng mahabang panahon. Sa kasalukuyan o Sta. Cruz Parish ay may apat na kapilya. Sto. Niño Chapel, Sampaguita Street, Christ the King Chapel, Adelfa Street, Peñafrancia, Bicol Area Street at Our Lady of Fatima, Chungkang Street. Sa ngayon ay patuloy na araw-araw ng mga misa, pagdaos ng mga nobena at pagpapakumpisal. May mga Parish Formation at training program na ginaganap para sa ikauunlad ng pananampalataya ng pamayanang kristiyano ng Tanza.